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一、文章來源

基于RNA-Seq的通關藤藥用成分(多氧孕烷)合成基因發現及分子標記開發.鄭開顏,南京農業大學。

文章下載鏈接:http://www.bfsdvm.live/uploads/tmp/genedenovo-resume-1413439299.6871349.pdf

樣品關系:單樣品,通關藤的莖與葉分別提取RNA后等量混合測序

二、研究思路

6個與多氧孕烷有關的基因qPCR結果 

鯊烯合酶(SQS)
鯊烯環氧酶(SQLE)
C4-甲基固醇氧化酶(4-MSO)
3-β羥甾脫水酶(3-β-HSD)
孕酮-5β還原酶(5β-POR)
環阿屯醇合酶(CAS)

除5β-POR(多氧孕烷合成通路下游的酶)在莖組織中上調外,其余基因的均在葉組織中上調。說明多氧孕烷前體可能先在葉中合成,而后運輸到莖中進行后續修飾并儲存。因此在莖中積累了大量藥用成分

3-O-葡糖基轉移酶同源性分析

7個基因在物種間同源,證明了其產物的功能。(酰化和糖基化)

三、主要結果

1. 得到了通關藤的轉錄組參考序列,并找出了其中與藥用成分的合成相關的基因。
2. 使用qPCR的方法得到了目標基因的表達量,揭示了藥用成分的合成和運輸機制。
3. 對目標基因進行了家族樹分析,找出其在近緣物種間的同源性。

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