外顯子測序

外顯子組是一個物種基因組中所有外顯子區域的總和。外顯子組測序是指利用序列捕獲技術對全基因組外顯子區域DNA進行富集再進行高通量測序的方法。該方法能夠獲得指定外顯子捕獲平臺探針設計區域及側翼200bp序列的遺傳信息,極大的提高了人類基因組中外顯子區域的研究效率,顯著降低了研究成本。主要用于識別和研究與疾病、種群進化相關的編碼區域內的結構變異。結合大量的公共數據庫提供的外顯子數據,有利于更好地解釋所得變異結構之間的關聯和致病機理。

應用領域

已知候選位點篩選及驗證
稀有或新變異位點檢測
個性化診斷、藥物靶點篩選

技術路線

分析內容

1. 標準分析:原始數據基本分析、序列比對、SNP檢測等
   a)  基本信息分析:按Illumina 標準流程進行base calling、raw data 數據整理及數據質量評估;
   b)  數據通過GATK, SAMtools 等檢測SNP 和InDel 變異信息;
   c)  將SNP 和InDel 與最新發布的dbSNP 和千人基因組數據進行比對分析;
   d)  變異所在基因的功能注釋;
   e)  多樣本分析;
2. 高級信息分析
根據客戶需求進行個性化分析,協商確定分析內容

樣品要求

樣品類型:無降解且無蛋白和RNA污染的DNA樣品;樣品需求量:≥6 μg;樣品濃度:>50 ng/μl;樣品純度:OD260/280= 1.8~2.0。

項目周期

標準流程的運轉周期為45個工作日。

參考文獻

  1. Pasaniuc B, Rohland N, McLaren PJ, Garimella K, Zaitlen N, Li H, Gupta N, Neale BM, Daly MJ, Sklar P, Sullivan PF, Bergen S, Moran JL, Hultman CM,Lichtenstein P, Magnusson P, Purcell SM, Haas DW, Liang L, Sunyaev S, Patterson N, de Bakker PI, Reich D, Price AL.Extremely low-coverage sequencing and imputation increases power for genome-wide association studies. Nat Genet. 2012 May 20. doi: 10.1038/ng.2283.
  2. Guo Y, Long J, He J, Li CI, Cai Q, Shu XO, Zheng W, Li C. xome sequencing generates high quality data in non-target regions. MC Genomics. 2012 May 20;13(1):194. [Epub ahead of print]
  3. Saunders CT, Wong W, Swamy S, Becq J, Murray LJ, Cheetham RK. trelka: Accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs. bioinformatics. 2012 May 10. [Epub ahead of print]
  4. Martinez FJ, Lee JH, Lee JE, Blanco S, Nickerson E, Gabriel S, Frye M, Al-Gazali L, Gleeson JG. Whole exome sequencing identifies a splicing mutation in NSUN2 as a cause of a Dubowitz-like syndrome.J Med Genet. 2012 May 12. [Epub ahead of print]
  5. Walker BA, Wardell CP, Melchor L, Hulkki S, Potter NE, Johnson DC, Fenwick K, Kozarewa I, Gonzalez D, Lord CJ, Ashworth A, Davies FE, Morgan GJ. Intraclonal heterogeneity and distinct molecular mechanisms characterize the development of t(4;14) and t(11;14) myeloma. Blood. 2012 May 9. [Epub ahead of print]
     
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