CHIP測序

染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)是指對染色質免疫共沉淀(ChIP)即使用抗體中和特定的蛋白,富集特異性交聯的DNA-蛋白質復合體,然后將寡核苷酸接頭與特異性蛋白結合的DNA延伸拼接,進而對染色質免疫共沉淀獲得的微量DNA片斷進行海量平行測序。

CHIP測序與低分辨率的Chip芯片技術不同,ChIP-Seq經一次測序就準確地進行全基因組的關聯分析,實現了全基因組范圍內更精確、更敏感、更經濟的定位目標蛋白所有的結合位點。可以解決芯片固定數量的陣列特征或候選序列的問題,自由闡釋結合事件。

應用領域

判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
精確定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點
組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究
轉錄因子結合位點和功能研究

技術路線

分析內容

1. 標準信息分析
對測序結果進行圖像識別(Base calling),去除污染及接頭序列;統計結果包括:測定的序列(Reads)長度、 Reads 數量、數據產量
2. 高級信息分析
a)ChIP-Seq 序列與參考序列比對;
b)Peak calling :統計樣品 Peak 信息(峰檢測及計數、平均峰長度、峰長中位數);
c)統計樣品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因間區的分布情況及覆蓋深度;
d) 給出每個樣品 Peak 關聯基因列表及 GO 功能注釋;
e)對序列進行Motif分析;
f)在多個樣品間,對Peak進行差異分析;
g)在多個樣品間,對與 Peak 關聯基因做差異分析;

樣品要求

DNA樣品需求量:總量≥ 10 ng
注:請提供DNA打斷時的檢測膠圖,要求打斷后的DNA電泳主帶在100-500bp范圍內,建議在250bp左右。

項目周期

若客戶提供的是細胞系樣品,標準流程的完成時間約為90個工作日;
若客戶提供的是免疫沉淀后的DNA樣品,標準流程完成時間約為45個工作日;

參考文獻

  1. Johannes Schödel, Spyros Oikonomopoulos, Jiannis Ragoussis, Christopher W., Peter J., RatcliffePugh and David R. Mole. High-resolution genome-wide mapping of HIF-binding sites by ChIP-seq. Blood June 9, 2011 vol. 117 no. 23 e207-e217
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