RIP測序

RIP-seq是以RNA 結合蛋白免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay, RIP)為基礎,采用特異性抗體對RNA結合蛋白進行免疫共沉淀。沉淀后,分離RNA,通過高通量測序,在全轉錄組范圍內對細胞內RNA與蛋白結合情況進行分析。 RIP-seq可在全轉錄組范圍內揭示RNA分子與RBP相互作用,包括非編碼RNA與蛋白的互作。


應用領域
特定蛋白特異結合的RNA區域或種類
不同蛋白結合RNA種類差異分析
miRNA靶向調控基因


技術路線

分析內容

1.數據過濾與質量評估:測序質量評估、堿基組成與質量分析、過濾信息統計;
2.比對統計:比對核糖體、比對參考基因組、基因組測序深度分布、reads在染色體上的分布;
3.peak分析與注釋: peak calling、peak 富集倍數分布、peak 相關基因分析、peak在基因功能元件上的分布、Peak相關基因的GO/ KEGG功能富集分析、peak以及周邊基因結構的可視化;
4. motif分析檢測蛋白特異性結合位點;
5.多樣品間的差異分析:樣本關系分析、差異peak分析、差異peak相關基因GO/KEGG功能富集分析。


樣品要求
RIP捕獲的RNA>500ng,濃度>30ng/μL,OD260/280為1.8-2.0,OD260/230為1.5-1.8。


項目周期
標準流程完成時間為50個工作日。


參考文獻
1.Zhao J, Ohsumi T K, Kung J T, et al. Genome-wide identification of Polycomb-associated RNAs by RIP-seq[J]. Molecular Cell, 2010, 40(6):939
2.Jayaseelan S, Doyle F, Tenenbaum S A. Profiling post-transcriptionally networked mRNA subsets using RIP-Chip and RIP-Seq[J]. Methods, 2014, 67(1):13-19
3.Lu Z, Guan X, Schmidt CA, et al. RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins.[J]. Genome Biology, 2014, 15(1):R7
4.Kidder B L, Hu G, Zhao K. ChIP-Seq: technical considerations for obtaining high-quality data[J]. Nature immunology, 2011, 12(10): 918-922
5.Nussbacher J K, Batra R, Lagier-Tourenne C, et al. RNA-binding proteins in neurodegeneration: Seq and you shall receive[J]. Trends in Neurosciences, 2015, 38(4):226
6.Li Y, Zhao D Y, Greenblatt J F, et al. RIPSeeker: a statistical package for identifying protein-associated transcripts from RIP-seq experiments[J]. Nucleic Acids Research, 2013, 41(8):e94

重庆体彩百变王牌技巧 在南宁赚钱方法有哪些 手机兼职能赚钱吗 马云网店靠什么赚钱 一点赚钱脚本 在平台赚钱再到平台上消费 途虎养车靠什么赚钱 剑网三帮会种地如何赚钱 赚钱不出户 二三里新闻赚钱 问道手游买游戏币赚钱攻略 能吃苦想赚钱 漂流瓶做兼职赚钱 博兴顺风车怎么赚钱多 小学生怎样赚钱买手机 网上直播讲课怎么赚钱 今合网是怎么赚钱