Meta16s/ITS高變區測序

微生物多樣性測序是一種利用高通量測序技術對PCR所擴增的16S、18S、ITS等微生物物種特征序列進行檢測的研究方法。此類方法不需要對微生物進行分離純化培養,尤其適用于環境微生物等樣本的研究。

應用領域
1、群落微生物物種組成鑒定
2、標記微生物鑒定
3、群落微生物多樣性分析

技術路線

分析內容
reads過濾
tag拼接
Tag過濾
嵌合體去除
過濾數據統計
OTU聚類及數據統計
組間OTU比較
組間OTU比較韋恩圖展示
OTU物種注釋
各樣品在各分類水平上的序列數目統計
樣本物種分類KRONA動態展示
樣本及分組在各分類水平相對豐度展示
各分類水平物種注釋表達譜
樣本及分組的物種分類樹
各分類水平的物種豐度熱圖
α多樣性分析指數統計
樣本或分組各α多樣性指數動態展示
各樣本OTU稀釋曲線
各樣本Shannon曲線分析
各樣本rank abundance曲線分析
T-test組間各α多樣性指數差異分析
Wilcoxon組間各α多樣性指數差異分析
Kruskal-Wallis組間各α多樣性指數差異分析
Tukey組間各α多樣性指數差異分析
組間α多樣性箱線圖展示
(un)weighted unifrac組間相似性計算及熱圖展示
二維及三維PCA分析
(un)weighted unifrac的PCoA分析
(un)weighted unifrac的NMDS分析
(un)weighted unifrac的UPGMA聚類樹
T-test組間相似性距離差異分析
Wilcoxon組間相似性距離差異分析
Kruskal-Wallis組間相似性距離差異分析
Tukey組間相似性距離差異分析
組間相似性距離箱線圖展示
Adonis組間群落結構差異顯著性分析
Anosim組間群落結構差異顯著性分析
PICRUSt功能預測
Tax4Fun功能預測
FUNGuild功能預測
metastats
LefSe

樣品要求
土壤:10 g;糞便:3-5 g;血液:10 mL;污泥/沉積物:5-10 g;
DNA:總量 ≥ 1 μg、濃度 ≥ 20 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0。

項目周期
約50個工作日,視樣本類型而定。

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