遺傳圖譜

遺傳圖譜即遺傳連鎖圖譜,是基因組研究中的一個重要組成部分,是指基因組中基因或 DNA多態性標記之間相對位置的圖譜。 遺傳圖譜構建的基恩原理是通過計算標記間的重組率確定標記的相對順序和距離(又稱為圖距)。通過簡化基因組(RAD 或 GBS等方法)對作圖群體進行基因分型,構建遺傳圖譜。然后基于高質量的遺傳圖譜,開展后續的基因組 scaffolds 排序以及 QTL 分析等其他分析。

應用領域
應用于基因組 scaffolds 的排序,改善基因組拼接質量;
QTL 定位

技術路線
總DNA提取--測序樣品制備--上機測序--生物信息學分析

分析內容
1.多態SNP標記篩選
1.1親本間多態標記篩選
1.2子代基因分型和標記過濾
1.3有效遺傳標記篩選

2.遺傳圖譜構建
2.1上圖標記完整性分布統計
2.2連鎖群構建
2.3連鎖圖繪制

3.圖譜質量評估

4.QTL分析

4.1 基于CIM模型的QTL分析
4.2顯著位點的篩選
4.3基于QTL分析結果繪圖
4.4基于2-LOD置信區間的QTL區間定位
4.5 QTL區間內相關候選基因的功能注釋;(必須要有參考基因組)

樣品要求
樣品濃度:≥25 ng/μl,總量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0


項目周期
標準流程完成時間為55個工作日

參考文獻
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