比較轉錄組

比較轉錄組針對同科、屬內不同物種的mRNA序列進行分析,通過序列上的差異研究不同近緣種之間的進化關系及分化時間,以及通過序列比較挖掘受到正向或負向選擇的基因,從而推測基因與環境適應相關性。

應用領域
物種進化關系
不同物種間親緣關系研究
選擇壓力分析挖掘在不同生長環境下與適應性相關的基因
物種分化過程中, 逐步適應極端環境(高山、干旱地域等) 的分子機理

技術路線

分析內容
1.轉錄組統計

1.1序列統計
1.2 注釋結果統計
1.3 CDS分析

2.蛋白家族分析
3.特有基因分析
3.1 GO富集分析
3.2 KEGG富集分析

4.共有基因分析
4.1基于單拷貝同源基因的進化分析
4.2物種分化時間預估
4.3全基因組復制分析
4.4選擇壓力分析

樣本要求
樣品需求:總量≥5μg,濃度≥ 100 ng/μl
樣品純度:動物樣品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
樣品請置于1.5 ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管,干冰運輸。

項目周期
標準流程完成時間為40個工作日。

參考文獻
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Yi S, Wang S, Zhong J, et al. Comprehensive Transcriptome Analysis Provides Evidence of Local Thermal Adaptation in Three Loaches (Genus: Misgurnus)[J]. International journal of molecular sciences, 2016, 17(12): 1943.
Bhattacharya D, Agrawal S, Aranda M, et al. Comparative genomics explains the evolutionary success of reef-forming corals[J]. Elife, 2016, 5: e13288.

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