10x Gennomics 單細胞ATAC測序

多數基因組中的染色質都緊緊盤繞在細胞核內,但也有一些區域經染色質重塑后呈現出松散的狀態,這部分無核小體的裸露DNA區域被稱為開放染色質(open chromatin),而DNA復制和基因轉錄都發生在這些區域。染色質的這種特性叫做染色質的易接近性(chromatin accessibility),通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。

10x Gennomics單細胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,單細胞染色質易開放區域測序)基于GemCode微流體平臺,利用Tn5轉座酶切割染色質的開放區域,并加上測序引物進行高通量測序,以高分辨率研究染色質開放區域,為成千上萬個單細胞提供全面的染色質調控圖譜。

應用領域
發現表觀遺傳變異引起的細胞異質性;
構建基因表達上游的基因調控網絡;
定義細胞類型和分化狀態;
預測疾病分子標志物。

技術路線

分析內容
標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1.數據分析與質控:測序數據基本質控、樣本基本信息結果統計
2.比對分析:測序飽和度分析、插入片段長度分布
3.Peak分析:peak信息統計、TSS周圍信號分布、peak區域片段分布統計
4.單細胞亞群分類(降維、聚類、可視化)
5.Peak注釋:peak相關基因注釋、peak相關基因GO/KEGG功能富集分析
6.TF motif分析
7.亞群易接近性差異分析

定制化信息分析
和10x Genomics 轉錄組關聯分析

樣品要求
樣本類型:單細胞核懸浮液(單細胞核懸液制備參考樣本制備資料)
細胞類型:細胞系、原代細胞、冷凍保存樣品
細胞核大小:小于40μm
數據量:推薦每個細胞核測25k read pairs

項目周期
標準流程完成時間為60個工作日。

參考文獻
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